Интерпретация результатов секвенирования ДНК — вопрос №2245618

Здравствуйте! Полгода назад операция рак МЖ, TisN0M0, ИГХ - долговая карцинома без инвазии. Учитывая семейный анамнез (сестра трижды негативный РМЖ в возрасте 55 лет, мама колоректальный рак в возрасте 50 лет), сделала секвенирование полного экзома ДНК. Выявлен описанный ранее (HGMD ID: CM030423) вариант нуклеотидной последовательности в экзоне 6 гена CHEK2 (chr22:29107938T>A) в гетерозиготном состоянии, приводящий к миссенс-замене NM_007194.4:c.751A>T, p.(Ile251Phe), глубина покрытия точки х192. Выявленный вариант нуклеотидной последовательности зарегистрирован в контрольной выборке Genome Aggregation Database (gnomAD) с аллельной частотой 0.001770%. Алгоритмы предсказания влияния на сплайсинг mmsplice, squirls, spip оценивают данный вариант как нейтральный. Алгоритмы предсказания патогенности миссенс-вариантов fathmm_MKL_coding, M_CAP, PROVEAN, SIFT4G, SIFT, Polyphen2_HVAR, Polyphen2_HDIV, LRT оценивают данный вариант как вероятно патогенный, в то время как FATHMM, DEOGEN2, MutationAssessor,
Ген
Положение (GRCh37/hg19)
Генотип
Экзон/
интрон
Положение
в кДНК
Эффект
Частота аллеля*
Референсная последовательность
(RefSeq)
Глубина прочтения
точки
CHEK2
chr22:29107938T>A
T/A
6
c.751A>T
p.(Ile251Phe)
0.000018
NM_007194.4
х192
Страница 2 из 4
PrimateAI - как нейтральный. Комплексная оценка патогенности мета-предикторами: MetaSVM - нейтральный, MetaLR - нейтральный. Для данного варианта проведен функциональный анализ на дрожжевых системах (S. cerevisiae), указывающий на повреждающий эффект на уровне белка (8).
Согласно критериям ACMG, данный вариант следует расценивать как вариант неопределенного значения.
В связи с чем вопросы - следует ли мне сделать операцию по удалению молочных желез? (сейчас у меня частичная резекция с сохранением). Насчет кишечника, предполагаю, что колоноскопию мне следует делать каждый год. Насколько вероятны данные мутации и что означает "вероятно патогенный"? Что вы можете рекомендовать в моем случае?

Возраст: 51