Отклонения от нормы в клиническом анализе кала у ребенка

Добрый день! Ребенок 3 года 7 мес. Примерно с августа заметила, что у ребенка изменился кал, перестал тонуть и часто неоформленный (мягкая колбаска, кучка), хотя ранее в основном кал был обычной колбаской и почти всегда тонул. Также появился запах изо рта. В сентябре ребенок пошел в дет.сад. В октябре сдали клинический анализ кала, отклонения: нейтральный жир - мало, растительная клетчатка - мало, йодофильная флора - мало. Педиатр назначил лечение: хилак форте 25кап./3р.в день 1 месяц, креон 10000 половина капсулы/3р.в день 10 дней, фламин 1 пак./3р.в день 10 дней. Сегодня сдали опять клинический анализ кала. Ситуация совсем не изменилась, те же самые отклонения от нормы (фото прилагаю). Также сделали узи жкт: желчный неправильной формы (фото прилагаю). За питанием всегда слежу, магазинных сладостей практически нет, фрукты, ягоды и овощи в достаточном количестве, кушает хорошо и все продукты(мясо, рыба и т.д.) и по режиму. Вопрос такой, каким образом восстановить стул в норму по всем показателям и нужно ли учитывать какие-либо нюансы в питани из-за неправильной формы желчного пузыря? Также хочу добавить, что с мая начала давать детскую омегу-3 в жидкой форме Lysi (у меня есть опасения, что она могла повлиять на желчеотток и тем самым нарушить микрофлору в кишечнике, хотя давала правильно во время еды), потом перерыв и в октябре опять принимал до конца месяца. После того, как увидела первый анализ кала, сразу перестала давать. Также примерно с июня постоянно пальцы в рот и дома и на улице (моменты кризиса 3х лет), чего раньше не было. И на все уговоры, была обратная реакция. В октябре это прошло.