Дисбактериоз и углеводы в кале у новорожденного в 4 месяца

Здравствуйте! Дочери сейчас 4 месяца, сдавали в 3 месяца анализ на дисбактериоз и калл на углеводы т.к беспокоил животик, ребенок плакал выгибался, через 30-40 минут после еды просыпался кричал, если спала крепко, то во сне постоянно корчилась и извивалась плакала не открывая глаз. С двухнедельного возраста по настоящее время применяем эспумизан бэби в смесь по 10 капель каждое кормление. До 2,5 месяцев было смешанное вскармливание грудное молоко и смесь с Нутрилон гипоалергенный(давали в роддоме, так аллергии нет), со стулом проблем не было до месячного возраста около 6 раз в день,после месяца, стабильно раз или два в день, но в два месяца и 1 неделю стул стал раз в три дня или раз в два дня, массажировали животик, купали, но все равно раз в два дня какала и было видно что сильно мучается, стали переходить на Нутрилон комфорт, стул стал стабильно раз в день или два раза в день, и какать она стала сама уже без массажа животика, только цвет стула стал зеленым(до этого желтый) и зловонным гнилостным(до этого был с кисломолочным запахом), после 2,5 месяцев молоко у меня пропало и теперь кушает только смесь Нутрилон комфорт. После перехода на Нутрилон комфорт дочка стала меньше выгибаться и извиваться от боли, но полностью животик не прошел, сейчас по прежнему может просыпаться от плача и во сне плачет громко с соской, спокойным более менее стал только ночной сон. В три месяца сдали анализ кала на дисбактериоз и углеводы. Выделенные микроорганизмы КОЕ/г: [ 1 ] Escherichia coli лактозонегативная 10*7; [ 2 ] Escherichia coli с гемолитическими свойствами 10*7; [ 3 ] Klebsiella sp. 10*7; [ 4 ] Staphylococcus aureus 10*4. Анализ кала на углеводы показал 0,75%. По чувствительности педиатр назначил бактериофаг «Интестифаг». Применяли 8 дней 4 раза в день по 5мл, во время приема стул иногда становился желтым, но после окончания приема снова всё время зеленого цвета с гнилостным запахом, и болезненные газы по прежнему(ребенок кричит и плачет когда пукает), беспокойно спит днем. В первые дни приема бактериофага могла пронзительно взвизгивать во сне, раньше такого не наблюдала. Прошел месяц и снова пересдали анализы Выделенные микроорганизмы КОЕ/г: [ 1 ] Escherichia coli лактозонегативная 10*7; [ 2 ] Escherichia coli с гемолитическими свойствами 10*7; [ 3 ] Staphylococcus aureus 10*4. Анализ кала на углеводы показал 0,70%. Все также, только Klebsiella уже не обнаружена, хотя бактериофаг на нее никак не действует. Вопрос что делать дальше? Почему бактериофаг не подействовал? Может нужно было еще что-то применять? Например пропить еще «полезные» бактерии? Стафилокок меня беспокоит больше всего.