Ребенок 2 года, кесарево, 7/8 Апгар, с 1 дня на ИВ. В первый год ферменты частично, элькар, все время на симетиконе, перевод на козье ИВ, вроде как успокаивался живот. Сейчас жалуется на периодические боли в животе, постоянно хочет перекусить, аппетит средний, недостаточно...

Бактериофаги - не приветствую. Глютен склеивает ворсинки эпителия кишечника, это тоже может давать разжижение стула и нарушение пищеварения, пристеночного в том числе, и нарушение всасывания. Глютен раздражает слизистую, провоцирует воспаление, поэтому рeкoмeндую убрать глютен на время выздоровления - это рожь, овёс, ячмень, пшеница - внимательно читайте состав продуктов, бывает скрытый глютен. Печенье, хлеб, макаронные изделия и выпечку - только безглютеновые, есть готовые б/г продукты, можно самим готовить- есть смеси для выпечки со значком перечёркнутый колос, «глютен-фри» - в них нет глютена. Можно: мясо индейка, кролик, конина, страусиное и др мясо. Рыбу можно и нужно. Крупы: рис, греча, кукуруза, пшено (это просо). Овощи: картофель (не увлекайтесь, он газообразующий), брокколи, кабачок, тыква и морковь - немного - пучит животик у деток от большого их количества в рационе, цветная капуста, зелень, огурцы (немного), помидоры, груши, персики и др овощи-фрукты. Насчёт смесей для выпечки, печенья и макарон - посмотрите Гарнец, Мак-мастер, Здоровей, 1 комбинат диетического питания, ДиеТерра это безглютеновая продукция, продаётся в маркетплейсах с описанием рецептов как готовить, выпекать.
Также цельное молоко может давать воспаление. Рекомендовал бы отредактировать меню, чтобы казеин был либо частично разрушен термической обработкой (проваривался, пропекался – каши, выпечка), либо израсходован бактериями (кисломолочные продукты).