У дочки (3 года 5 мес) ЗПРР, лежали на обследовании в двух больницах по неврологии, КТ, ЭЭГ в норме. Все неврологи назначали ноотропы, занятия. Мы их пропивали в течении года, разные. На комиссии ПМПК сказали, что у нас помимо ЗПРР ещё СДВГ с гиперактивностью и...

Неулептил может вызывать экстрапирамидные расстройства (дрожание в руках, скованность, нарушение мелкой моторики), гормональные нарушения (пролактинемию), замедление развития (за счет своего седативного эффекта). Нельзя сказать, конечно, что все это обязательно проявится у вашего ребенка, но, чем дольше его принимать, тем риск появления побочек выше.
Атомоксетин иногда назначают "офф-лейбл" и детям младше 6 лет в случае выраженных проявлений СДВГ. Но основной акцент все же нужно делать на развивающих и коррекционных занятиях. И нужно понимать, что в 3,5 года ребенок и не должен быть особо усидчивым и прилежным и многие проявления, которые в дальнейшем могут рассматриваться как гиперактивность для этого возраста нормальны. Префронтальная область мозга, отвечающая за внимание развивается к 4 годам и это без учета задержки развития.
Насчет стационара - польза только более пристальное наблюдение за особенностями поведения ребенка в динамике, что позволит точнее определить патологию. В Москве, С.-Петербурге более широкий спектр лекарств, которые могут назначить в стационаре, есть нейропсихологи в штате больницы, есть более широкий спектр диагностических тестов, но даже туда я не вижу смысла обращаться. Повторюсь, все обследования, которые еще можно было бы назначить, помимо ваших (нейропсихологическое исследование, логопедическое) можно сделать и амбулаторно.
Касаемо микротоковой терапии - лично не сталкивался с пациентами и "живых" отзывов не имею, но, Вы правы, методика не является признанной научной медициной. Если уж говорить про "экзотические" методы, то лучше рассмотреть БОС-терапию, но опять же, не тот возраст еще.
Нейрогенетический анализ никакой практической ценности не имеет.