Enterobacter cloacae в Кале у ребенка

Здравствуйте, ребенку 1,5 лет, началось всё в ноябре, начал отказываться от еды, появились сильные газы, и частый кашицеобразный кал кислого запаха 3-5 раз в день, все это было примерно 8-9 дней, потом резко поднимается температура 39.00, утром вызвали врача нас с симптомами увезли в инфекционку, там уверяли что у нас вирусная инфекция и антибиотики не нужны, температура деражалась также 38,5, каждый 4-6 часов ребенку давали сиропы для снятия жара, на 3 день стали колоть цефтриаксон, на второй день после антибиотиков стало лучше, температура ушла, на 5 день стационара выяснилось что у нас в анализе энтеробактер клоаке, так как я видела ( ну или мне так казалось) что врачи не понимали чем лечить и отчего, я взяла очную консультацию инфекциониста, для лечения этой бактерии нам назначили: Гентамицина сульфат внутрь 0,5 мл три раза в день, бисептол сироп утром и вечером ( это две недели) и два месяца пить бифидумбакткрин и аципол. Через три недели после антибиотиков мы сдаем опять анализ на дисбактериоз и этого энтеробактера клоаке стало еще больше ! Подскажите что мы не так делаем ? За эти три недели ребенок пару дней отказывался от еды, щас стало немного больше газов, ну испрожняется он 1-2 раза в день то туго, то замазкообразно. От молочки сразу кал кислого запаха ( только от творога и каш на молоке, от сыра такого нет). До всей этой истории два раза переболел кишечной инфекцией