Предыстория: много лет был малоподвижный образ жизни, потом начал регулярно гулять на улице (4 раза в неделю по полтора часа в течение 2 месяцев), всё было хорошо, потом добавил бег трусцой (3 захода в течение прогулки по несколько минут, чередуя с шагом, суммарная...

Здравствуйте.
"Хотел бы услышать Ваше мнение по диагнозам и назначенному лечению".
Мы не имеем права корректировать и оценивать лечение, которое очно назначают коллеги.
Мы можем на основании представленных данных предположить диагноз и предложить схему лечения, которую применяют в таких случаях.
Ориентируюсь на заключение рентгенолога, поскольку клинических проявлений болезни Гоффа нет, импиджмент проявляется блоками сустава (которых нет), а отёк вполне может быть из-за синовита.
В таких случаях обычно рекомендуют:
Препараты группы НПВС, например, Аркоксиа, Артроксан, Тексаред и др. Их назначают вместе с Омепразолом (защита желудка).
Хондропротекторы, например, Пиаскледин + Амбене БИО.
Гели или мази НПВС, например, Диклофенак гель, Артрозилен гель, Аэртал крем или др.
Ограничение нагрузок до купирования болевого синдрома. Бинтовать суставы эластичным бинтом или носить ортезы.
Из физиотерапии фонофорез с гидрокортизоном, магнитотерапия, массаж.
Стоит делать? - да, стоит.
" Амбене БИО, можно ли заменить его пероральной формой? Как я понял, есть таблетки 500 мг".
Нет этого препарата в таблетках.
Если сложно колоть, можно можно принимать Артру или Структум в таблетках, но уколы эффективней.
Если можно, то как они для ЖКТ? Нужно ли что-то добавить для защиты ЖКТ?
Для ЖКТ добавлять по любому из-за НПВС. Выше рекомендован Омепразол.
можно ли вернуться к бегу? - можно, но не желательно. Лучше плавать или велосипед.
Как не допустить повторения ситуации? - снижайте нагрузки, тренируйтесь в ортезах.
Какие-то рекомендации по бегу? - хорошая беговая обувь, разминка, бег по грунту.
ЛФК https://vk.com/video-92690915_456239283
Скорейшего восстановления. Готов ответить на вопросы.